Wybuch wojny przerwał wspaniałą działalność wielu Sióstr Szkolnych de Notre Dame na ziemiach polskich.
Z początkiem września 1939 r. Siostra Antonina wraz z siostrami rozpoczęła rok szkolny. Gdy wojska radzieckie zajęły Lwów, siostry musiały zamienić strój zakonny na świecki, szkoły zakonne upaństwowiono, a siostry nauczycielki zwalniano z pracy. Siostra Antonina boleśnie przeżyła utratę łączności z dziećmi i z młodzieżą szkolną, a także zakonną. Kandydatki zostały odesłane do domów rodzinnych, a nowicjat rozwiązano.